Samanosuke, de heldhaftige samoerai uit de vorige Onimusha-spellen, wordt deze keer vergezeld door de hedendaagse actieheld Jacques - gespeeld door Hollywood-ster Jean Reno. Opmerkelijk genoeg voert de actie het duo zowel naar het Japan van de zestiende eeuw als het moderne Frankrijk. In beide tijdperken moet de wereld van de ondergang worden gered.

De voorgerenderde 2D-achtergronden uit de vorige delen zijn in Onimusha 3: Demon Siege vervangen door echte 3D-omgevingen. Een overstap waar fans van de serie al op voorhand van uit hun dak gingen. Maar sommige dingen blijven altijd hetzelfde, en dus moeten de helden ook deze keer weer strijd leveren met Nobunaga, de oorlogszuchtige slechterik die Samanosuke na hun laatste epische treffen wist te ontvluchten.