Solid Snake maakt opnieuw zijn opwachting op de Playstation 2 met volledig vernieuwde spelvarianten, verborgen personages en verhaallijnen. De technologie voor een uiterst geheim wapen wordt op geheimzinnige manier getransporteerd, waarbij een olietanker met onbekende bestemming dienst doet als dekmantel.

Met behulp van een arsenaal nieuwe wapens, uitrustingsstukken en heimelijke manoevers, is de taak van Snake in dit transport te infiltreren en te voorkomen dat dit massavernietigingswapen in de verkeerde handen valt.