Het is het jaar 2055. Een groep ondernemers plant de bouw van de meest ontwikkelde stad ter wereld, die volledig autonoom zal zijn wat betreft energie en voedsel en een wetenschappelijk onderzoekscentrum zal vormen waarin mens en natuur in perfecte symbiose samenleven. Om dat plan te doen slagen, moeten de drie stadsdelen harmonieus met elkaar samenwerken en niets of niemand mag iets tekortkomen. 

In Neotopia zijn de spelers ondernemers die met behulp van verschillende elementen, geproduceerd door fabrieken, projecten voltooien in de drie stadsdelen. Wie zal de meest succesvolle ondernemer zijn aan het einde van het spel?