Als Sils moeder voor haar werk naar een Waddeneiland verhuist om een windmolenpark op te zetten, laat de tienjarige Sil de stad achter zich. Tijdens een schoolbezoek aan het zeehondencentrum valt ze in een bassin en komt ze oog in oog met een opvallend grote zeehond die vreemd vertrouwd voelt.

Met haar vragen kan ze alleen bij haar oma terecht, die haar vertelt over selkies: zeehonden die in mensen kunnen veranderen. Dat verhaal laat Sil niet meer los, zeker niet omdat het lijkt samen te hangen met de verdwijning van haar vader.

Langzaam ontdekt Sil dat ze een bijzondere band heeft met de zeehonden. Wanneer die in gevaar komen, blijkt dat juist Sil hen kan helpen.

Selkie is het verhaal over een meisje dat tussen twee werelden in staat. En soms is datgene wat ons anders maakt, precies wat de wereld nodig heeft.