Ter gelegenheid van het 30-jarig jubileum van de Mega Man-serie keert de iconische held terug in Mega Man 11. In de gebeurtenissen van Mega Man 11 is de lang-besnorde slechterik van de serie, Dr. Wily, terug vol ondeugende manieren en heeft hij, in een ware flits van kwaadaardig genie, besloten te investeren in een ambitieus idee uit zijn tijd aan de Robot University, waar hij samen met Dr. Light, de welwillende maker van Mega Man, studeerde. Dr. Light, die zich dit inventieve idee eveneens herinnert, besluit om Mega Man te upgraden met een krachtig prototype dat bekend staat als het 'Double Gear'-systeem, het in zijn circuits te installeren en zijn vaardigheden uit te breiden voor de grootste strijd voor eeuwige vrede tot nu toe.