Football Manager 2006 lijkt vooral een verbeterde versie van Football Manager 2005 te worden. De engine zal grotendeels hetzelfde zijn, maar er zijn vooral meer opties bijgekomen. Daarbij heeft Sports Interactive vooral ook goed geluisterd naar wat de fanbase wilde. De onderhandelingen gaan nu eindelijk verder dan alleen maar het aantal jaar en het salaris. Je hebt namelijk ook invloed op het transferbudget, het budget voor de salarissen en dergelijke. Daardoor heeft deze optie inderdaad een meerwaarde; je kunt je eigen situatie verbeteren.

Een andere belangrijke vernieuwing is de mogelijkheid om je team tijdens te rust toe te spreken. Je kunt dat naar de hele groep toe doen, of bij spelers individueel. Dat individuele ‘man-management’ gaat verder dan alleen dat praatje in de rust. Je kunt nu spelers die persoonlijke problemen hebben beter behandelen. Je kunt zodoende proberen problemen oplossen.

Ook op het gebied van tactieken en trainingen zal Football Manager 2006 een verbetering zijn ten opzichte van zijn voorganger. De trainingen zijn toegankelijker geworden; het wordt makkelijker om een trainingsschema in elkaar te zetten. Ook wordt de rol van je coaches en je andere strafleden belangrijker. Op tactisch gebied vind je ook elementen terug van het ‘man-management’. Zo heeft elke speler behalve een eigen favoriete positie ook één of een aantal favoriete bewegingen, dingen die hij graag doet. Nog meer om rekening mee te houden bij het invullen van de opstelling dus. Je moet namelijk meer rekening houden met de persoonlijke kwaliteiten en de speelstijl van een speler tegenover zijn directe tegenstander. Je moet ook meer rekening houden met wat voor scheidsrechter er op het veld staat. Het spel geeft veel meer informatie over de scheidsrechters, waar je als manager op moet anticiperen, en je team bijvoorbeeld minder agressief moet laten spelen bij een strenge scheidsrechter.