In 'Bakugan Battle Brawlers: Defenders of the Core' creëren spelers een nieuwe held waarmee zij de brawlers mee moeten nemen op een avontuur. De aarde moet beschermd worden tegen de kwaadaardige Spectra en zijn onderdanen, de Vexos.

Voor het eerst maken spelers kennis met een andere kant van de Bakugan Brawlers. De kleine wezentjes zijn namelijk volledig te besturen, ook tijdens de gevechten. Bakugan kunnen veranderen van kleine, rollende balletjes in gigantische monsters.

Te midden van alle gevechten is er nog wel een ander probleem dat opgelost moet worden. Het kwaad moet gestopt worden, er is namelijke een duistere kracht die het leven uit de aarde wegzuigt.