In BlackSite begin je in Irak. Jij bent een soldaat met een eliteteam onder je commando. Je bent op zoek naar massavernietigingswapens, maar vindt deze niet. Op een later tijdstip vind je een heel ander soort wapens, eigendom van het Amerikaanse leger: soldaten die zijn aangepast met behulp van moderne en buitenaardse technieken. Je raakt met deze 'supersoldaten' verzeild in een heftige strijd in vele kleine Amerikaanse stadjes en het is aan jou om je team hier veilig doorheen te loodsen. Dit team reageert op jouw orders en jouw leiderschap. Jij moet je team leiden in de strijd tegen de vijand. Wankel je echter als je in oog komt te staan met je vijanden dan zal het moraal van je team zakken en zullen ze minder goed schieten, sneller moe worden en hun strijdlust verliezen. Als groepsleider heb je de macht, de autoriteit en de taak om je troepen acties te laten uitvoeren. Zo zul je ze C-4 moeten laten plaatsten, een vijand in een toren neer laten schieten of ze voertuigen laten besturen. Met een enkele knop kun je je squad commando's geven. Een belangrijk element tijdens de vuurgevechten is het vinden van goede plekken om achter te schuilen. In BlackSite vind je echter weinig plekken die lang veilig zijn. Bijna alles kan namelijk kapotgeschoten worden. Wanneer je probeert weer op adem te komen achter een stenen muurtje dan zie je al snel de stukken steen je om de oren vliegen. Natuurlijk houdt dit ook in dat je je tegenstanders kunt uitschakelen door hun schuilplaats kapot te schieten. Vergeet dan alleen niet dat het best kan zijn dat je die schuilplaats zelf later ook nog wilt gebruiken. BlackSite bevat verschillende onlinemodi, zoals death-match, team-death-match en capture-the-flag, maar ook nieuwe opties zoals een Human vs. Reborn optie en een nieuwe Siege-modus. In deze laatste moet je proberen de teamleden van elkaar gevangen te nemen. Je kunt zowel in de singleplayer als in de multiplayer in verschillende militaire voertuigen rijden en ook in die van de bevolking plaatsnemen.