De belangrijkste modus van Nemesis: Aftermath is de Epiloogmodus, een kort (45-60 minuten) spel van 5 beurten dat wordt gespeeld na een regulier spel. Aan het begin van deze epiloog is er een ongespecificeerde hoeveelheid tijd verstreken sinds de gebeurtenissen die plaatsvonden in het basisspel van Nemesis. De spelers gebruiken personages (die geen deel hebben uitgemaakt van het basisspel) om de Nemesis binnengaan om onderzoek te doen. Het schip vertoont veel littekens van zijn eerdere beproevingen, dus restanten van je vorige spel zullen effecten hebben op je epiloogspel.

Een epiloogspel is veel korter dan een regulier Nemesis-spel, maar het is moeilijker en biedt een zeer dynamische speelervaring. In plaats van doelstellingen moeten spelers omgaan met schijnbaar eenvoudige persoonlijke vereisten, terwijl ze proberen samen te werken om verschillende waarschuwingen aan te pakken. Bovendien kunnen spelers die meer zelfzuchtige belangen nastreven, lucratieve aanbiedingen accepteren. De spelers gebruiken ook het extra Shuttle-bord, dat een nieuw klein schip vertegenwoordigt (aangemeerd aan de Nemesis) bestaande uit 4 extra kamersleuven. De Nemesis: Aftermath-uitbreiding voegt ook 4 nieuwe kamers toe.

Je kunt het epiloogspel met minder spelers spelen dan het aantal dat daadwerkelijk heeft deelgenomen aan het reguliere spel.

Nemesis: Aftermath voegt een eigenschapskaart toe voor elk personage (zowel uit het basisspel als de uitbreiding). Eigenschapskaarten geven specifieke voordelen en nadelen tijdens het spel. De eigenschapskaart wordt open naast het personagebord geplaatst, en de regel ervan is van kracht voor de rest van het spel.

Nemesis: Aftermath voegt 5 nieuwe personages toe aan het spel. Wanneer de spelers hun personage kiezen, stelt de personage-draftkaart die ze selecteren hen in staat om het basisspel- of het Aftermath-personage van een gekozen kleur te kiezen. Bijvoorbeeld kan het rode Aftermath-personage (de veroordeelde) het rode basisspel-personage (de soldaat) vervangen. Nadat ze hun personage hebben gekozen, behoudt elke speler hun geselecteerde draftkaart, waardoor andere spelers niet de mogelijkheid hebben om het andere personage van dezelfde kleur te kiezen. De twee rode personages (de veroordeelde en de soldaat) kunnen nooit samen in hetzelfde spel zijn. De Aftermath-personages verschillen sterk van de personages uit het basisspel.