De kwaadaardige Heer Eradikus heeft bijna de melkweg veroverd en is nu bezig met een overwinningsronde door de sector in zijn vlaggenschip, Eradikus Prime. Hij mag dan wel met ijzeren hand heersen, maar zijn meest gekoesterde artefacten dreigen door zijn cyborgklauwen te glippen. Jij en je mede-dieven hebben elkaar uitgedaagd om aan boord van zijn schip te sluipen, in te breken in zijn commandomodule en van hem te stelen.

Onderweg zul je bondgenoten rekruteren en extra buit bemachtigen. Maar één verkeerde stap en - Clank! Onvoorzichtig lawaai trekt de aandacht van Heer Eradikus. Het hacken van zijn commandomodule en stelen van zijn artefacten verhoogt zijn woede. Je hoopt maar beter dat je vrienden luider zijn dan jij als je naar een ontsnappingscapsule wilt gaan en levend weg wilt komen...

Clank! In! Space! is gebaseerd op hetzelfde spelmechanisme als Clank!: A Deck-Building Adventure, waarbij spelers gedurende het spel een persoonlijk kaartendeck opbouwen, met kaarten waarmee ze zich door het ruimteschip kunnen bewegen, dingen kunnen aanvallen, nieuwe kaarten kunnen verkrijgen en - oh ja - lawaai kunnen maken om de aandacht van Heer Eradikus te trekken en mogelijk hun eigen ondergang te bezegelen.