In een verre toekomst bewonen mensen de aarde niet langer. De oorzaak van hun verdwijning (of misschien wel hun ondergang) is onbekend, maar hun afwezigheid liet een leegte achter die klaar was om te worden ingenomen door een ander intelligent wezen.

Gedurende ontelbare generaties evolueerde één soort van de nederige honingbij om die leegte te vullen. Ze groeiden in omvang en intelligentie om een zeer geavanceerde samenleving te worden. Ze noemen zichzelf Mellifera en hebben aanzienlijke technologische vooruitgang geboekt, naast de technologie die ze hebben overgenomen uit menselijke ruïnes, inclusief ruimtereizen.

In Apiary beheert elke speler een van de twintig unieke facties. Je factie begint het spel met een korf, enkele hulpbronnen en werkbijen. Een uitdaging van worker placement en korfbouw wacht op je: verken planeten, verzamel hulpbronnen, ontwikkel technologieën en maak beeldhouwwerken om de kracht van je factie aan te tonen (gemeten in overwinningspunten) gedurende een jaarlijkse stroom. Echter, de Schaarste nadert snel en je werkers kunnen slechts een paar acties ondernemen voordat ze moeten overwinteren! Kun je gedijen of slechts overleven?