Pak je uitrusting in, reis naar de Stille Ocean en bestrijd het Japanse imperialisme in Medal of Honor Rising Sun. In deze episode van de uiterst succesvolle Medal of Honor-reeks, moet marinekorporaal Joseph Griffin zich zien te handhaven in enkele van de hevigste gevechten uit de Tweede Wereldoorlog. Hij krijgt cruciale opdrachten, van het overleven van de aanval op Pearl Harbor, het vernietigen van de brug over de rivier de Kwai en een middernachtelijke aanval op Guadalcanal, tot het als overwinnaar uit de strijd komen in de laatste confrontatie met kolonel Shima.
Je kruipt in de huid van Griffin en neemt vijf missies op je die bestaan uit meerdere onderdelen en die zich uitstrekken over tien omvangrijke levels met open omgevingen. Ondanks die variëteit levert dit alles toch één complete verhaallijn op. Het begint met de aanval op Pearl Harbor in 1941 aan boord van de U.S.S. California. Je moet hier Japanse aanvallen afweren en getuige zijn van de vernietiging van de Amerikaanse vloot. Daarna reis je naar Guadalcanal om versterkte Japanse wapendepots te vernietigen en de aanval op Hendersons Field aan te voeren.
Stealth is het devies tijdens je reis naar en verblijf in Singapore. Het is je taak informatie te zoeken waarmee je een geheime voorraad Japans goud kunt opsporen, waarna je moet zien te ontsnappen in een gestolen speedboat. Ontmoet de Britten en de legendarische Flying Tigers in Burma terwijl je het geheim van Yamashita's goud ontdekt en vernietig vervolgens de brug over de rivier de Kwai.
Hoe verder je komt in de game, hoe meer er wordt verteld over het achterliggende verhaal door leden van het peleton. Elk peletonlid heeft een verhaallijn die wordt onthuld in de loop van de game. Griffin's vrienden en vijanden komen tot leven via de sterk verbeterde AI en interacties van de AI-animaties met de verschillende omgevingen. Alle personages - vrienden en vijanden - gebruiken de omgevingen voor bescherming en beschutting tijdens aanvallen.