Peach is weer eens ontvoerd en Mario zou Mario niet zijn als hij niet meteen zijn rode pet op zou zetten en op pad zou gaan om haar te redden! De standaard verdachte in de zaak; Bowser, is echter net zo verbaasd als hij. Duistere krachten zijn hier aan het werk... kan Mario de prinses nog redden?

De 2D weergave welke een zo unieke sfeer opriep in het vorige deel, wordt op de Wii volledig vernieuwd. Plat als papier, dat wel, maar toch ook voorzien van 3D mogelijkheden... Nintendo weet wederom de gameplay een nieuwe wending te geven.

Loop, spring en stuiter door een level: tot je vast staat achter een rotsblok... of toch niet? Een druk op de knop en het hele speelveld draait zich om; nu kun je achter de berg stenen langslopen! Een helemaal lege kamer, wat hier te doen? Even je licht laten schijnen en whopla, een deur verschijnt. Niet is wat het lijkt te zijn in Super Paper Mario. Laat je keer op keer verassen door de mogelijkheden in deze game.