Lang voor Sora gekozen werd door zijn Keyblade, lag de veiligheid van de planeet in de handen van de zogenaamde Keyblade Masters. Een van hen, Master Eraqus, waakt over drie jonge mensen die lang en hard trainen om te bewijzen dat zij ook het Mark of Mastery bezitten: Terra, Ventusen Aqua.

De drie vrienden raken al snel verzeild in een crisis die een invloed heeft op werelden buiten de hunne, terwijl een andere Keyblade Master, Xehanort, op mysterieuze wijze vermist wordt. Drie vrienden, drie doeleinden; eenzelfde vreselijk noodlot dat hen allen te wachten staat.