Kingdom Hearts vertelt het verhaal van Sora, een 14 jarige jongen wiens wereld op zijn kop wordt gezet als een verwoestende storm over het eiland waar hij woont raast. De storm scheidt Sora van zijn vrienden Riku en Kairi en de jongens komen terecht in vreemde onbekende werelden.

Op zoek naar zijn vrienden, ontmoet Sora hoftovenaar Donald en kapitein Goofy. Zij zijn de wachters van het magische Disneykasteel, en het is hun missie om koning Mickey te vinden, die onder verdachte omstandigheden is verdwenen. Ze komen erachter dat sinistere wezens bekend als de hartelozen al hun werelden bedreigen.

De hartelozen zijn eropuit om Disneyschurken in te lijven, zodat die hen kunnen helpen om de pure harten en zielen van anderen te stelen. Sora sluit zich aan bij Donald, Goofy en vele andere Disneyhelden om de hartelozen te bestrijden en een eind te maken aan hun tirannieke heerschappij. Maar dat blijkt allerminst gemakkelijk en voordat Sora terug kan keren naar huis, wordt hij gedwongen de moeilijkste beslissing uit zijn leven te maken.