Dankzij de draken van vuur, water, donder, wind en ijs is er weer vrede in de wereld. In deze wereld beheersen de draken zowel de natuur als het klimaat. Daarom worden ze aanbeden door mensen en mensachtigen als de beschermers van de wereld. Vanwege hun belang worden ze beschermd door een groep ridders, bekend als de dragoons. Het verhaal van Dragoneer's Aria begint in het jaar dat Valen slaagt voor zijn opleiding aan de dragoon-school.

Een mysterieuze zwarte draak verschijnt plotseling en begint het koninkrijk te vernietigen. De dragoneers vechten terug, maar zijn machteloos tegen de enorme krachten van de zwarte draak. Valen overleeft de aanval en krijgt de opdracht om de draken van de elementen te beschermen en uit te zoeken wat het monster wil. Valen moet vechten naast dappere krijgers die hij op zijn reis ontmoet om zijn doelen te behalen.

Dragoneer's Aria is een turn-based role-playing game. Dit houdt in dat je met een groep personages op avontuur bent, samen moet strijden en dat je je personage moet laten ontwikkelen. De gevechten draaien om strategie. De speler en tegenstanders doen om de beurt een actie en door de juiste aanvallen te kiezen en je teamgenoten op de juiste momenten te genezen kunnen vijanden worden verslagen. Nieuwe vaardigheden worden geleerd door zogenaamde Dragon Orbs te combineren met de wapens van de personages.